10 Oktober 2018
 |
| Visualisasi pita DNA (deoxiribo nucleid acid) virus Oryctes dalama gel agarose |
Bissmillah, dengan menyebut nama Mu ya Rob
Masih ingat kata-kata beliau. Semakin banyak membaca maka akan semakin tidak tahu apa-apa. Termasuk dalam mengerjakan penelitian ini. Seberapa banyak yang telah kamu tahu? Apa yang telah diperoleh? Entahlah. Hanya memohon semoga selalu diberikan kesempatan untuk belajar dan terus belajar. Dari sedikit pengetahuan tersebut semoga bisa ditulis dalam kerangka ilmiah yang dapat dipertanggung jawabkan.
#
Sebelum memulai pekerjaan, membaca literatur tentang virus oryctes yang telah dikerjakan oleh peneliti lain. Dari rangkaian panjang penelitian, dicari celah mana hal yang belum dilakukan terutama di Indonesia.
Ketika proses membaca tentang virus oryctes, bertemu dengan berbagai cabang ilmu lain. Berusaha memahami dengan susah payah. Sesuatu yang baru yang harus ditelusuri dan dimengerti. Yang semua bermuara agar pengetahuan tentang virus oryctes menjadi menyeluruh. Yah pengetahuan di satu titik saja, virus oryctes. Perpanjangan dari titik tersebut yang semakin jauh tidak tahu. Barangkali pengetahuan yang dekat dengan titik virus sedikit tahu tapi setelahnya, entahlah. Dan disinilah letak, semakin membaca semakin diri menjadi kecil tidak tahu apa-apa.
***
Apa kamu pernah melihat bentuk fisik virus oryctes? Jawabannya ya dan tidak.
Virus oryctes entitas biologi terdiri atas asam nukleat sirkular, utas ganda yang diselubungi capsid protein berbentuk memanjang seperti batang. Satu sisi batang virus terdapat struktur seperti benang. Capsid virus dibungkus oleh selaput yang biasa disebut dengan amplop. Virus masuk ke tubuh inang kumbang Oryctes rhinoceros melalui makanan kemudian berkembang di saluran pencernaan tengah. Saluran pencernaan tengah yang terinfeksi menjadi membengkak hingga mencapai diameter 4 mm, berwarna putih dan didalam saluran pencernaan tersebut berisi massa putih. Ketika tingkat infeksi menjadi semakin parah, virus mencari tempat lain untuk berkembang, yaitu di badan lemak.
Sejatinya semua pengetahuan virus oryctes yang ditulis tersebut adalah adalah hasil temuan yang ditulis dalam jurnal ilmiah. Untuk membuat temuan tersebut perlu dibuktikan dengan berbagai peralatan misalnya mikroskop elektron, mikroskop binokular dll.
Dari pernyataan ilmiah mengenai virus oryctes tersebut, bagian mana yang telah kamu lihat? Saya baru melihat bahwa saluran pencernaan imago Oryctes rhinoceros yang terinfeksi virus membengkak berwarna putih yang di dalamnya berisi cairan yang juga berwarna putih. Pada larva bagian saluran pencernaan tidak bisa digunakan justifikasi bahwa ada infeksi. Saluran pencernaan tengah larva secara fisik tidak ada ciri membengkak seperti pada imago. Ciri morfologi luar yang menjadi patokan telah terjadi infeksi virus. Ciri luar telah ada infeksi ini pun tahu gegara baca literatur dari peneliti sebelumnya.
Jadi apa kamu sudah melihat virus oryctes tersebut?
Saya belum melihat secara fisik virus oryctes secara langsung menggunakan mikroskop elektron. Fasilitas mikroskop elektron termasuk barang langka yang akses untuk mendapatkannya terlalu sulit. Sedangkan untuk menjadikannya sebuah publikasi, bentuk virus sudah dilakukan orang sebelumnya. Sehingga menghabiskan tenaga untuk melihat fisik virus menjadi tidak berguna. Biarkan peneliti lain yang melakukan dan saya beruntung ikut melihat fotonya dari publikasi ilmiah.
Akan tetapi hakekat virus oryctes bisa dilihat dengan pendekatan lain. Pendekatan untuk melihat bentuk fisik virus ini yang menurut saya super keren. Makanya pertanyaan apakah kamu pernah melihat virus Oryctes mendapatkan jawaban ya dan tidak.
***
DNA informasi genetik juga dimiliki oleh virus oryctes. DNA virus oryctes sudah dilakukan perunutan basa nukleotida dan datanya bisa dilihat di gen bank NCBI. Data DNA yang bisa diunduh secara gratis ini yang dimanfaatkan untuk melihat fisik virus oryctes.
Dari penelitian sebelumnya, bagian genetik virus yang dipakai sebagai penciri adalah sekuen gen DNA polymerase. DNA polymerase ini digunakan untuk memulai replikasi atau perbanyakan virus di dalam sel inang. Primer didisain berdasarkan info virus oryctes di gen bank NCBI. Primer yang sudah dipesan ditambah bahan lain dilakukan reaksi PCR (polymerase chain reaction) untuk sampel virus oryctes dari wilayah penelitian. Visualisasi virus berupa pita-pita DNA sesuai besaran (pasang basa) disain primer. Nah, saya melihat virus oryctes hanya sebatas pita-pita DNA yang dapat dilihat dalam gel agarose.
Dasar pengetahuan secara rinci bagaimana asal muasal agarose kenapa digunakan untuk melihat DNA belum tahu. Reaksi PCR menggunakan reaksi mix yang bisa dibeli. Bagaimana pabrikan membuat reagen PCR mix jelas tidak tahu. Hanya mengetahui sedikit dari literatur dasar kerja pereaksi yang terdiri dNTPs dan MgCl. Gel agarose dilakukan proses elektroforesis dalam buffer TBE 1X. Bagaimana proses dibalik penemuan TBE untuk proses elektroforesis tidak tahu. DNA bisa dilihat dengan sinar UV menggunakan suatu pewarna. Bagaimana proses penemuan pewarna DNA belum tahu. Masih banyak hal-hal penelitian itu saling kait mengkait. Dan tidak semua hal tersebut diketahui hingga akar-akarnya. Barangkali hanya tahu di satu titik saja.
DNA virus oryctes sekuen polymerase kemudian dilakukan perunutan sehingga didapatkan susunan basa nukleotida A (adenin), G (guanin), C (sitosin), T (timin). Saya hanya melihat virus oryctes dari huruf-huruf yang sudah diterjelahkan oleh mesin. Saat melakukan isolasi DNA virus oryctes menggunakan cara manual (ekstraksi menggunakan bahan Phenol, Chloroform, Isoamil alkohol) melihat virus Orycstes dari DNA total inang dan virus merupa endapan berwarna putih kecoklatan. Endapan sedikit yang berada dalam tabung 1.5 ml.
***
Virus yang tidak terlihat dengan mata dapat dipelajari hakekatnya. Perlu berbagai alat dan bahan untuk membuktikan bahwa virus oryctes dari Indonesia itu seperti ini. Saya hanya sebatas tahu di satu titik. Semoga yang sedikit itu bisa diterjemahkan dalam bentuk tulisan ilmiah yang dapat dipertanggung jawabkan
 |
| gel agarose yang dilakukan proses elektroforesis |
-end-
No comments: